اصل سلامت: کشاورزی ارگانیک باید سلامت انسان، جانوران، گیاهان، خاک و در مجموع کره زمین را به صورت یکپارچه و بعنوان یک کلیت غیر قابل تفکیک مد نظر قرار داده و در راستای حفاظت از آن بکوشد.
اصل مراقبت: کشاورزی ارگانیک باید سلامت و رفاه نسل حاضر را با احساس مسئولیت و رعایت احتیاط های لازم در راستای حفظ محیط زیست و اکوسیستم برای نسل های آینده، تامین کند به عبارت دیگر آینده کره زمین را فدای نسل امروز نکند.
اصل اکولوژی: کشاورزی ارگانیک باید براساس اکوسیستم های طبیعی و منطبق با کارکرد چرخه های آن طراحی شود. به طوری که موجب تقویت اکوسیستم های طبیعی گشته، با ایجاد زیستگاه ها و تقویت تنوع زیستی به تعادل اکولوژیکی کمک کند.
اصل انصاف: تاکیدات این اصل بر این است که آنهایی که درگیر کشاورزی ارگانیک شده اند باید روابط انسانی را به طریقی هدایت نمایند که در تمام سطوح از رعایت عدالت و انصاف برای تمام اعضا دست اندر کار، کشاورزان، کارگرها، فراوری کنندگان، تجاری مصرف کنندگان اطمینان حاصل نمایند.
اگر بذر و مواد گیاهی ارگانیک در دسترس نباشد باید از بذر رایج که در کشاورزی ارگانیک ممنوع نیست استفاده کرد.
از کودها باید به شکلی استفاده شود که از خاک، آب و تنوع زیستی حفاظت کنند.
مصرف کودهای آلی دارای فضولات انسانی در محصولاتی حرارتی در کشاورزی ارگانیک مجاز است.
کشاورزی باید برای جلوگیری از آلودگی های مزرعه ارگانیک از موانع فیزیکی و مناطق محافظ (با حصار کشی محوطه کشاورزی از ورود حیوانات مزرعه به محل کشاورزی جلوگیری شود) استفاده کند.
کلیه تجهیزات و ماشین آلات فرایندهای کشاورزی ارگانیک پیش از استفاده در مزارع ارگانیک باید از کلیه موادی که احتمال آلودگی دارند پاک شوند.